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    致病疫霉基因组序列微卫星的发掘与开发分析

      

    《北方园艺》 2013年17期

    【作者】 张宏磊; 朱杰华; 胡珍珠; 杨志辉;

    【Author】 ZHANG Hong-lei;ZHU Jie-hua;HU Zhen-zhu;YANG Zhi-hui;Department of Plant Pathology,Agricultural University of Hebei;

    【机构】 河北农业大学植物保护学院;

    【摘要】 利用SciRoKo软件,确定了致病疫霉整个基因组及其不同区域完美型和复合型微卫星的数量,并分析其分布规律。结果表明:在致病疫霉基因组中共发现了5 010个完美型微卫星位点,其出现频率平均为26.35个/Mb,最偏好基元类型为ACGG、AT和AAG;外显子区域仅含3~6个碱基的微卫星基元,其中3和6个碱基的微卫星基元占93.68%;复合型位点275个,82.18%为中断完美类型。通过SciRoKo软件对致病疫霉基因组不同区域的序列进行分析,共获得了430个适合开发高多态性微卫星标记位点,其中包括83个外显子编码区微卫星位点和264个非编码区位点;分别对32个编码区和105非编码区的微卫星位点进行验证,结果表明其开发成功率和多态性明显提高。


    发布时间: 2013-09-20 14:00 浏览次数:   【 打 印 】【 关 闭
     
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